公司的非法所得被员工侵占怎么办

公司非法所得需由相关执法部门依法处理，员工侵占同样违法。公司发现员工侵占非法所得，不能自行处理，要按规定流程解决。
1.公司可先与员工协商，要求其返还款项。这是较为温和的解决方式，能避免矛盾激化。
2.若协商无果，公司不宜直接起诉。由于涉及非法所得，公司应向市场监管、税务等有管辖权的行政机关举报自身非法经营行为，积极配合调查。
3.公司要向行政机关说明员工侵占情况，由行政机关在处理公司违法问题时一并调查员工侵占行为。
4.若侵占数额较大，涉嫌职务侵占罪，行政机关会将案件移送司法机关，通过刑事诉讼程序追究员工刑事责任并追回款项。
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法律分析：
（1）公司的非法所得本就应依法由相关执法部门处理，员工侵占该非法所得同样属于违法行为。公司在发现此情况后，先与员工协商要求返还款项是合理的初步解决方式。
（2）若协商不成，由于涉及非法所得，公司不能直接以侵占为由向法院起诉。因为法院处理的前提是合法权益受到侵害，非法所得不受法律直接保护。
（3）公司应向有管辖权的行政机关举报自身非法经营行为并配合调查，同时说明员工侵占情况。行政机关会在处理公司违法问题时，对员工侵占行为一并调查。
（4）若侵占数额较大涉嫌职务侵占罪，行政机关会移送司法机关，通过刑事诉讼程序追回款项。

提醒：
公司处理此类问题时要及时配合行政机关调查，员工不应抱有侵占非法所得不违法的侥幸心理，遇到复杂情况建议咨询专业法律分析。
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（一）公司先和员工协商，明确告知其需返还侵占的非法所得款项。
（二）若协商不成，公司不宜直接以侵占为由起诉，而是向有管辖权的行政机关举报自身非法经营行为，像市场监管部门、税务部门等。
（三）在行政机关处理公司违法问题时，说明员工侵占非法所得的情况，让行政机关一并调查。
（四）若侵占数额较大涉嫌职务侵占罪，等待行政机关将案件移送司法机关，通过刑事诉讼程序追回款项。

法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二百七十一条规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
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1.公司非法所得应由执法部门处理，员工侵占同样违法。公司可先和员工协商退款。

2.协商不成，公司不宜直接起诉。应向市场监管、税务等有管辖权的行政机关举报自身非法经营行为，配合调查。

3.向行政机关说明员工侵占情况，行政机关会一并调查。若数额大涉嫌犯罪，会移送司法机关追刑责并追回款项。
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结论：
公司非法所得被员工侵占，公司不能直接起诉员工，应向行政机关举报自身非法经营行为并说明员工侵占情况，由行政机关处理，数额较大涉嫌犯罪的会移送司法机关。
法律解析：
公司的非法所得需由相关执法部门依法处理，员工侵占此类款项同样违法。公司遇到这种情况，先与员工协商返还是合理举措。然而，由于涉及非法所得，公司不能直接以侵占为由起诉员工。根据法律规定，公司有义务向有管辖权的行政机关，如市场监管部门、税务部门等举报自身非法经营行为，并配合调查。行政机关在处理公司违法问题时，会对员工侵占行为一并调查。若侵占数额较大，构成职务侵占罪，会移送司法机关，通过刑事诉讼程序追回款项。如果您在处理此类问题时遇到困难或有其他法律疑问，欢迎向专业法律人士咨询，以获取准确的法律建议和帮助。